Затем эту теории забыли, а позже её запрещала святая церковь. И только в 18 веке трудами Дальтона, Больцмана, Ломоносова  и  других учёных атомно-молекулярная теория строения  вещества  окончательно сформилась и объяснили все тепловые процессы.

Но в начале ХХ века появилось ряд фактов, которые ставили  под сомнение цельность и неделимость атома.  При фотоэффекте из атома вырывались электроны. При радиоактивности альфа, бета и гамма лучи. Катодные лучи, законы электролиза и, особенно, обнаруженные Бальмером спектральные закономерности, указывали на сложность строения атома.

Первую модель строения атома выдвинул английский физик Томсон. Он предположил, что атом весь положителен, а внутри, как  изюм  в кексе, расположены электроны. Но эта модель не имела экспериментального подтверждения.

Правильную модель построил Резерфорд. Он прозондировал атом с помощью альфа-частиц. В спинтарископе на игле находилась соль радия, которая излучала α - частицы (двукратно ионизированные положительные ионы гелия ). Они пролетали через диафрагму  и  вызывали на люминесцирующем экране вспышки - сцинтилляции. Резерфорд выделял небольшой участок и считал число частиц, попадающих на  экран за единицу времени. Затем на пути α - частиц  устанавливалась очень тонкая золотая фольга, толщиной в несколько атомов.

Опыт показал, что большинство частиц свободно проходили сквозь фольгу и не отклонялись. Часть частиц отклонялось и тем меньше, чем больше угол отклонения. Резерфорд был очень удивлен, когда поставив экран с противоположной стороны, он обнаружил, что очень  небольшое число частиц (порядка одной на 2000 летевших на экран) отскакивает назад. Результаты опыта он объяснил, предположив что:

1.Атом практически пустой. Вся его масса сосредоточена в ядре.

2.В центре атома находится ядро, которое по радиусу в 1000  раз меньше атома.

3.Ядро заряжено положительно.  Именно оно отталкивает  положительные - α -частицы и тем сильнее, чем ближе они подлетают к ядру.

4.Радиус атома порядка 10^-8см,а диаметр ядра 10^-12 - 10^-13 см. Это позволило Резерфорду построить планетарную модель атома.

Атом имеет положительное ядро, в котором сосредоточена вся его масса.  Отрицательные электроны вращаются по  орбитам  вокруг ядра.

Модель Резерфорда была прогрессивна, но она не могла объяснить процесс излучения и поглощения света атомами. Ряд противоречий показал, что к явлениям атомных масштабов законы классической физики неприменимы.  Дальнейшее развития теория Резерфорда получила в трудах Нильс Бора.